A Escola Básica e Secundária de São João da Pesqueira é a escola-sede do Agrupamento, acolhendo alunos do 2.º e 3.º ciclos do ensino básico e do ensino secundário.
A escola dispõe de diversos espaços educativos e funcionais, incluindo salas de aula, laboratórios, biblioteca, salas de informática, campo de jogos exterior, refeitório, horta pedagógica e áreas de apoio aos alunos, proporcionando condições adequadas às aprendizagens e ao desenvolvimento educativo dos jovens.
Os espaços exteriores e zonas de convívio contribuem igualmente para a socialização, o bem-estar e a vivência escolar dos alunos, num ambiente marcado pela proximidade e pelo espírito de comunidade.